Αριστερά από την Κεντρική Είσοδο έχει διαμορφωθεί το Τμήμα Ιστορικών Φυτών του Κήπου, ένα τμήμα που δε συναντάται σε κανένα άλλο Βοτανικό Κήπο στον κόσμο. Εδώ φιλοξενούνται είδη που αναφέρονται στην Αρχαία Ελληνική μυθολογία ως εμπλεκόμενα σε διάφορους μύθους ή ως αφιερωμένα στους θεούς. Υπάρχουν ακόμη είδη τα οποία οι αρχαίοι συγγραφείς, βοτανικοί ή μη, ανέφεραν ότι χρησιμοποιούσαν για διάφορους λόγους οι πρόγονοί μας όπως επίσης και φυτά που αναφέρονται τόσο στην Παλαιά όσο και στην Καινή Διαθήκη.
Εδώ καλλιεργείται ο νάρθηκας (Ferula communis subsp. communis), στον βλαστό του οποίου ο Προμηθέας έκρυψε τη φωτιά και τη μετέφερε κρυφά από τους θεούς στους ανθρώπους, η αφιερωμένη στην Αφροδίτη μυρτιά (Myrtus communis) που με τους κλάδους της η θεά κάλυψε το γυμνό σώμα της όταν βγήκε από τη θάλασσα, καθώς επίσης και η άκανθος (Acanthus spp.), από τα φύλλα της οποίας προήλθε η έμπνευση για τα κιονόκρανα κορινθιακού ρυθμού.
Καλλιεργείται ακόμη το κώνειο (Conium maculatum) με το οποίο θανατώθηκε ο φιλόσοφος Σωκράτης, η δάφνη (Laurus nobilis), η οποία ήταν αφιερωμένη στο θεό Απόλλωνα, ο αφιερωμένος στον Διόνυσο κισσός (Hedera helix), η "αλεξίκακος" σκιλλοκρεμμύδα (Urginea maritima), ο δίκταμος (Origanum dictamnus) που τις φαρμακευτικές του ιδιότητες εκθειάζουν πάνω από 20 συγγραφείς της αρχαιότητας και βέβαια το ιερό δένδρο της αρχαίας Αθήνας, η ελιά (Olea europaea subsp. europaea) αλλά και η αγριελιά (Olea europaea subsp. oleaster) με τους κλάδους της οποίας (τους κότινους) στεφάνωναν τους ολυμπιονίκες.
Συναντάμε επίσης τον κρίνο (Lilium candidum), ο οποίος ήταν σύμβολο αγνότητας, τον μανδραγόρα (Mandragora autumnalis), που ήταν γνωστός στην αρχαιότητα για τις φαρμακευτικές ιδιότητές του και την ανθρωπόμορφη ρίζα του, το σαπουνόχορτο (Saponaria officinalis), που το χρησιμοποιούσαν για το πλύσιμο των μάλλινων υφασμάτων και τη δρακοντιά (Dracunculus vulgaris) με την «άβρωτον και φαρμακώδη» ρίζα.
☙ Στο Τμήμα αυτό ο επισκέπτης ενημερώνεται από τις πινακίδες των φυτών και για τα αρχαία ονόματα του κάθε είδους, μαζί με την πηγή κάθε τέτοιας πληροφορίας.